De modo geral, a Mensagem de Fátima não é complicada. Os seus pedidos são de oração, reparação, arrependimento, sacrifício e desistência do pecado. Antes de Nossa Senhora aparecer aos três pastorinhos, Lúcia, Francisco e Jacinta, o Anjo da Paz visitou-os O Anjo preparou-os para receber a Santíssima Virgem Maria, e as suas instruções são um aspecto importante da Mensagem, a que muitas vezes não se dá a devida atenção.
O Anjo demonstrou aos pastorinhos a maneira fervente, atenta e respeitosa como deviam rezar, e a reverência que se devia ter para com Deus na oração. Explicou-lhes também a grande importância de rezar e sacrificar-se em reparação pelas ofensas cometidas contra Deus. E disse-lhes: " De tudo o que puderdes, oferecei a Deus sacrifício em ato de reparação pelos pecados com que Ele é ofendido e súplica pela conversão dos pecadores." Na sua terceira e última aparição aos pastorinhos, o Anjo deu-lhes a Sagrada Comunhão, e demonstrou a maneira correta de receber a Nosso Senhor na Eucaristia: as três crianças ajoelharam-se para receber a Comunhão; Lúcia recebeu a Sagrada Hóstia na língua, e o Anjo partilhou o Sangue do Cálice com Francisco e Jacinta.
Em todas as Suas aparições, Nossa Senhora sublinhou a importância de rezar o Terço, pedindo aos pastorinhos que rezassem o Terço todos os dias por intenção da paz. Outra parte principal da Mensagem de Fátima é a devoção ao Imaculado Coração de Nossa Senhora, horrivelmente ultrajado e ofendido pelos pecados da humanidade; somos convidados com amor a consolá-La por meio de uma reparação. Nossa Senhora mostrou aos pastorinhos o Seu Coração, rodeado de espinhos (que representavam os pecados contra o Seu Imaculado Coração), e eles compreenderam que os seus sacrifícios podiam ajudar a consolá-La.
Os pastorinhos viram também que Deus está horrivelmente ofendido pelos pecados da humanidade, e que deseja que cada um de nós e toda a humanidade abandone o pecado e faça reparação pelos seus crimes através de orações e sacrifícios. Nossa Senhora pediu, com tristeza: "Não ofendam mais a Deus Nosso Senhor, que já está muito ofendido!"Também disse aos pastorinhos que rezassem e se sacrificassem pelos pecadores, para os salvar do inferno. E mostrou-lhes uma breve visão do inferno, e em seguida disse-lhes: "Vistes o inferno, para onde vão as almas dos pobres pecadores. Para as salvar, Deus quer estabelecer do mundo a devoção a Meu Imaculado Coração. Se fizerem o que Eu vos disser, salvar-se-ão muitas almas e terão paz."
Nossa Senhora acrescentou que, se as pessoas não deixassem de ofender a Deus, Ele castigaria severamente o mundo por meio da guerra, fome, perseguições à Igreja, e perseguição do Santo Padre. Para evitar estes castigos, Nossa Senhora ofereceu um remédio: voltaria para pedir a Consagração da Rússia ao Seu Imaculado Coração e a Comunhão de Reparação dos Cinco Primeiros Sábados. Se os Seus pedidos fossem atendidos, haveria paz. Em caso contrário, os erros da Rússia espalhar-se-iam pelo mundo, causando guerras e perseguições contra a Igreja, o Santo Padre teria muito que sofrer, os bons seriam martirizados e várias nações seriam aniquiladas.
Nossa Senhora indicou-nos a raiz específica de todos os problemas do mundo, a que causa guerras mundiais e tanto sofrimento terrível: o pecado. E depois apresentou uma solução, primeiro para todas as pessoas, e depois para os responsáveis da Igreja. Deus pede a cada um de nós que deixe de O ofender.
Devemos rezar, especialmente o Rosário. Pela oração frequente do Rosário, obteremos as graças de que precisamos para vencer o pecado. Deus quer que tenhamos devoção ao Imaculado Coração de Maria e que façamos por espalhar esta devoção por todo o mundo. Nossa Senhora disse: "O Meu Imaculado Coração será o teu refúgio e o caminho que te conduzirá até Deus." Se quisermos ir para Deus, temos um caminho seguro, através de uma devoção verdadeira ao Imaculado Coração da Sua Mãe.
Quando a Irmã Lúcia perguntou a Nosso Senhor porque é que Ele não convertia a Rússia sem a consagração pública, solene e específica dessa nação, Jesus respondeu: Porque quero que toda a Minha Igreja reconheça a Consagração como um triunfo do Imaculado Coração, para que, mais tarde, coloquem a devoção ao Seu Imaculado Coração ao lado da devoção ao Meu Sagrado Coração.
Vemos, assim, que a conversão da Rússia não pode ter lugar, a menos que o Papa e os Bispos consagrem especificamente a Rússia, porque Deus reservou esta graça – esta graça especial – a este acto especial de honra e reparação ao Imaculado Coração de Maria. Jesus assim decidiu porque quer estabelecer em todo o mundo, nos corações e nas mentes dos fiéis, a importância da devoção ao Imaculado Coração de Sua Mãe.
A devoção ao Imaculado Coração é o ponto central da Mensagem de Fátima. Deus determinou que a Consagração da Rússia e a Comunhão de Reparação dos Cinco Primeiros Sábados fosse o meio de implementar esta devoção por todo o mundo, e encarregou o Papa, os Bispos e as almas individuais de praticar e promover esta devoção.
Para nos aproximar mais d’Ela, e portanto do Seu Filho, Nossa Senhora insistiu na importância de rezar pelo menos cinco dezenas do Rosário todos os dias. Pediu-nos para usar o Escapulário Castanho. E devemos fazer sacrifícios, especialmente o sacrifício de cumprir o nosso dever quotidiano, em reparação dos pecados cometidos contra Nosso Senhor e Nossa Senhora. Ela também insistiu na necessidade de orações e sacrifícios para salvar do inferno os pobres pecadores. A Mensagem de Fátima, para as almas individuais, resume-se a estas coisas.
Além destes temas gerais, dados na Mensagem de Fátima ao longo dos seis meses das aparições, Nossa Senhora confiou aos pastorinhos um Segredo em 13 de Julho de 1917. Este Segredo destinava-se a todos os Católicos, mas ser-lhes-ia revelado mais tarde (o mais tardar, em 1960), porque em 1917 ninguém estava preparado para o compreender todo.
Nas suas Terceira e Quarta Memórias, ambas escritas em 1941, a Irmã Lúcia revelou a uma audiência mais alargada as duas primeiras partes do Segredo. A terceira parte do Segredo – ou, como se costuma dizer, o Terceiro Segredo – foi escrita pela primeira vez entre 2 e 9 de Janeiro de 1944.